在物流这个人员、土地和资金都相当密集的行业，阿里巴巴正在用自己的方式加大影响力。作为继天猫淘宝电商体系、蚂蚁金服支付体系之后的第三大战略，菜鸟物流从2013年诞生之初就被视为马云要进军物流业的标志。
据目前不完全统计，阿里巴巴旗下的菜鸟物流共有五大物流园区正在建设中，分布在华北、华东、华南、西南、华中五地，总面积超过100万平方米。从数量上来说，菜鸟除了在天津建了2个仓，浙江金华和义乌之间有1个，广州1个，还在北上广三地建了3个生鲜仓；而山东马上将会开新仓。境内还有4个保税仓和一些小家电仓储。
频繁的圈地建仓引发了外界不少质疑，最严重的批评来自商务司副巡视员聂林海，他认为马云走歪了，“到处建物流基地建仓储，因为经不住诱惑。”阿里巴巴对此一直否认，菜鸟也从未直接雇过一位快递员。但菜鸟为什么要如此大规模地建仓呢？菜鸟内部人士告诉界面新闻记者，菜鸟的目标是要建立全国多地分仓、仓储和配货合作的模式，仓储是可以开放给物流公司使用的。“菜鸟建的每个物流园区不仅是为菜鸟自己使用，物流园区是为商家服务的。很多其他电商也会选择从菜鸟的商品配仓里发货，比如唯品会。”
按照阿里巴巴的计划，菜鸟网络计划在5到8年内，建造一个全国性的超级物流网。这个网络能在24小时内将货物运抵国内任何地区，能支撑日均300亿元（年度约合10万亿元）的巨量网络零售额。这需要大规模的仓储网做支撑。根据菜鸟网络监测的物流数据，整个2014年，天猫和淘宝产生的包裹占中国快递市场份额超过60%，为此，菜鸟需要同时跟踪记录超过150万快递员的揽收、送货和包裹的实时情况，日均订单数量超过3000万。为了保证这些包裹快速分销、送达，增加仓库数量就变得很有必要。
菜鸟最常见的布仓方式是自建、共建和租用三类。此外，收购也是方案之一。最近的一例是在2015年5月，菜鸟收购了亚马逊上海2万平方米的仓储中心。包括后者先进的分拣设备，会根据阿里平台上的品类对仓储做调整改进。菜鸟仓库的增多甚至带起了一种新兴的行业——仓配管理，比如给天猫超市做仓配管理的心怡物流公司。心怡董事长邢玮介绍，心怡会随着菜鸟一起开拓海外仓，其中澳大利亚仓已经启用。美国、意大利、韩国仓等也会在今年陆续启用。
阿里巴巴向来以大数据公司自称。为了把物流业从线下搬到线上，菜鸟推出了多款大数据产品，比如2013年双十一前推出的物流预警雷达、提高快递网点信息化程度的“鹰眼”项目、提升发货效率的电子面单等。这也是菜鸟公司没有像京东物流一样大规模铺人铺网点的重要原因，截至目前，菜鸟团队才700人左右，且超过一半都是产品和技术团队的。
阿里巴巴将自己最擅长的“做平台”优势又再次发挥在了物流上，“整合”是菜鸟物流的关键词。整合的思路从菜鸟最初的股权结构就可以看出来，启动资金50亿元，天猫占股43%，投资21.5亿元人民币；银泰投资16亿，占股32%，富春、复星集团、顺丰、“三通一达”等都有参股。阿里巴巴与苏宁合作后，苏宁旗下包括4个航空枢纽、12个自动化分拣中心、60个区域配送中心、660个城市配送中心以及10000个配送点都有可能与菜鸟对接，目前细节谈判尚在进行中。此外，菜鸟还与超过10个省政府签署协议。
2015年9月5日，在蚂蚁金服的企业公示信息中，北京中邮投资中心已经成为其股东。中国邮政集团与阿里巴巴的合作已经深入到资本层面。其实，早在今年4月份，双方的合作就已经展开，全国十万个邮政点中的5000个点将开放给菜鸟派送包裹。值得注意的是，这是作为国有企业的中国邮政首次与私营企业合作，共享资源。在海外，为了解决不同国家物流发展的差异性，阿里巴巴打通了多地物流专线，即俗称的“铺管线”。发货量达到一定规模后，就可以通过整合当地的物流体系，联系好各国海关开通专线服务。
2015年上半年，阿里巴巴外贸物流动作频繁，已与包括UPS、Fedex、俄罗斯的ITELLA、东南亚的4PX、大韩通运等在内的多个全球物流伙伴合作。最新的合作是2015年8月刚刚谈下来的德迅物流。阿里巴巴国际事业部资深经理程炜表示，与德迅的谈判进行了9个月，目的是为中国的商家们争取到更多优惠和服务。未来，外贸中涉及的信用证、保险和各种单据都可以由阿里巴巴背书。
除了依靠平台信用背书缩短物流时间，建保税仓也成为了一种提高国际物流效率的方法。在进口时，清关查验是最耗时的地方。如果能提前利用好保税仓，做好预清关，让海关清楚放在保税仓的货品是什么，就很有可能缩短国际物流时间。
投资则是更大层面的战略。2015年7月8日和2015年7月8日，阿里巴巴投资了1.871亿新加坡元（约合8.33亿元人民币），以增持约5%新加坡邮政股权，想借新加坡邮政使用“万国邮联”的便利，在国际邮政体系下有更加有利的议价筹码。
来自阿里巴巴的数据统计，最近几年双十一的包裹量都是翻倍增长，2013年1.56亿单包裹量让菜鸟经历了“爆仓”的痛苦，用户投诉不断。但到了2014年双十一，菜鸟已经能在10天内全部派完2.78亿单，这些进步或加快阿里巴巴仓配加快递的合作模式。电子商务的发展在将销售平台扁平化的同时，也必将带来供应链的缩短。
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